Sau khi Đức xâm lược Ba Lan vào ngày 1 tháng 9 năm 1939, chàng trai Witold Kieżun 17 tuổi đã bị quân Đức bắt làm tù binh vào ngày 17 tháng 9. Ông may mắn trốn thoát thành công ra khỏi đoàn xe chở tù binh và được một người nông dân giấu trong một chiếc thùng rỗng.[2] Sau khi trốn thoát, Witold trở về Żoliborz. Trong giai đoạn này, nhà của Kieżuns là nơi trú ẩn cho dì của ông Irena Kiełmuciowa, một người gốc Do Thái, và anh họ của Witold, Leon Gieysztor người Công giáo. Năm 1940, Leon Gieysztor bị quân Đức bắt giữ và bị đưa đến trại tập trung Auschwitz. Anh họ của ông Leon đã chết trong trại vào tháng 12 năm 1940.[3]

Trong giai đoạn đầu khi Ba Lan bị Đức chiếm đóng, Witold làm nghề cắt kính và trở thành sinh viên của Trường Dạy nghề Kỹ thuật. Một trong những bạn học của Witold là Jan Bytnar, mật danh "Rudy", một thành viên nổi bật của Xếp hạng Xám. Kieżun tốt nghiệp trường dạy nghề năm 1943. Năm 1942 Kieżun ghi danh vào ngành Luật của Đại học Warsaw, khi ấy đang hoạt động bí mật. Ông hoàn thành chương trình học năm đầu tiên ở đây trước khi chương trình này bị gián đoạn bởi cuộc nổi dậy Warsaw năm 1944.[4]

Từ năm 1939 trở đi Witold Kieżun đã tham gia vào phong trào kháng chiến của Ba Lan. Từ năm 1944, căn hộ của Witold ở Żoliborz là nơi cất giữ vũ khí cho Home Army.[5] Witold hoạt động tích trong suốt cuộc nổi dậy Warsaw. Ông có mật danh là "Wypad" và phục vụ trong đơn vị tác chiến đặc biệt "Harnaś" với cấp bậc Thiếu úy.[6] Vào tháng 8 năm 1944, Witold Kieżun được trao tặng Thập tự giá Valour nhờ thành tích bắt giữ 14 lính Đức và bảo vệ được 14 khẩu súng trường và 2000 viên đạn.[7] Vào ngày 23 tháng 9 năm 1944, Witold Kieżun được đích thân Tổng tư lệnh Tadeusz Bor-Komorowski trao tặng quân hàm cấp cao nhất của Ba Lan Virtuti Militari.[8] Sau khi cuộc nổi dậy thất bại vào ngày 3 tháng 10, Witold trở thành tù binh chiến tranh, nhưng một lần nữa thành công trốn thoát.[9] Witold chuyển đến Krakow dưới cái tên Jerzy Jezierza.[10] Tại Krakow, Witold đoàn tụ với mẹ của mình, người đã trốn thoát khỏi Warsaw sau khi thành phố này gần như hoàn toàn bị phá huỷ sau cuộc nổi dậy.